GSEA分析也是功能分析的一种，GSEA的结果图想必大家也不陌生，接下来就让小编带大家画一下炫酷的基因集富集分析图吧~GSEA富集分析可以用GO的基因集也可以用KEGG的基因集，今天来看一下GSEA-KEGG分析首先加载相关的R包
###########加载
library(topGO)
library(enrichplot)
library(ggplot2)
library(org.Hs.eg.db)#人类基因组注释相关的包
library(DO.db)
library(clusterProfiler)
导入需要进行分析的基因，在这里，我们以差异表达分析中所有上调的基因
###########差异分析结果
AML_diff
AML_genelist_up0)),]
head(AML_diff)
head(AML_genelist_up)
因为entrez ID 进行下一步分析比较准所以利用bitr函数转换一下ID,这里会转换
###########ID转换
AML_genelist_up_l
fromType="ENSEMBL",toType="ENTREZID",
OrgDb="org.Hs.eg.db",drop = TRUE)#转换ID
由于表达谱的基因ID一般是ensemblID，而 gseKEGG接受的ID是entrezID所以构建genelist要将entrezID、ensemblID和logFC合并
###########信息合并
AML_genelist_up
names(AML_genelist_up)
AML
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